何秋伶

性 别：女

出生年月：1980.11

所在学科组：生态学和植物学

主要从事专业：作物分子育种与种质创新、植物生物技术与基因工程

近年来，先后主持或参与了包括国家自然科学基金、科技部科技支撑课题、国家863计划课题、教育部博士学科点专项科研基金、农业部转基因生物新品种培育重大专项课题和中国博士后科学基金等在内的多项国家与省部级科研课题。发表在国内外重要学术刊物如：Trends in Genetics，Scientific Reports，Functional & Integrative Genomics，Genomics，PlosOne等多篇SCI论文。第一作者Sci论文引用共超过100次。

教育背景：

1999年9月至2003年8月四川农业大学大学本科（林学）获农学学士学位

2003年9月至2006年8月南京林业大学 （林木遗传育种）获得农学硕士学位

2006年9月至2009年7月南京林业大学 （遗传学）获得理学博士学位

工作简历

2016.04至今，浙江理工大学，生命科学学院，助理研究员

2015.05-2016.04，浙江大学，助理研究员

2013.04-2015.05，美国，East Carolina University，博士后

2012.02-2013.03，浙江大学，助理研究员系党总支副书记

2009.12-2012.02，浙江大学，博士后

主要研究工作

2009.09-2014.08 973计划课题：棉花纤维品质功能基因组研究及优质高产新品种的分子改良 参加

2010.07-2012.7中国博士后科学基金会：转哈茨木霉ech42和nag70基因提高棉花抗黄萎病研究主持

2010.07-2012.07十二五国家863计划课题子课：分子标记辅助培育棉花新品种主持

2010.09-2011.12浙江省科技项目：适合新疆机械化收获的专用棉新品种选育及其应用参加

2011.01-2011.12农业部转基因生物新品种培育重大专项课题：转基因特色专用棉花新品种培育参加

2011.01-2015.12863重大专项：强优势棉花杂种优势机理与高效制种技术研究参加

2013.01-2013.12农业部转基因生物新品种培育重大专项课题：转基因特色专用棉花新品种培育参加

2013.01-2017.12863计划课题：棉花种子油分形成控制基因的挖掘与功能验证 参加

2014.01-2015.12农业部转基因生物新品种培育重大专项课题：转基因特色专用棉花新品种培育参加

2014.01-2017.12国家自然科学基金面上项目：棉花对土壤镉污染修复效应及镉胁迫下应答调控的分子基础 主持

2014.1-2016.12 高等学校博士学科点专项科研基金新教师类：耐镉陆地棉新种质在镉胁迫下应答调控的蛋白质组学研究 主持

主要学术成绩及贡献

（一）使用复杂模型研究多位点多等位基因的连锁与连锁不平衡，利用动态性状基因定位的统计模型进行植物生长发育的遗传控制研究

提出利用某个连续型变量的数学函数来描述表型值的变化规律，反映整个植物发育过程和动态特点。利用Legendre多项式的正交性来拟合依时间变化的均值向量，建立了基于功能作图的联合统计模型。通过估算每一个QTL基因型所控制的性状发育轨迹的曲线参数和检验不同基因型之间参数的差异，可以推断是否存在一个动态QTL以及它是如何影响发育过程中性状的形成和表达的。将所有的标记分离类型和标记基因型之间的连锁相考虑到模型中，并将具有生物学意义的Logistic生长曲线组装到统计模型中，曲线的总体形式由参数的不同组合决定，当不同的QTL基因型对应不同的参数组合时，就意味着该QTL控制的发育轨迹存在差异。同时，利用EM算法获得模型未知参数向量的极大似然估计，使用LR统计量寻找控制动态复杂性状的主基因在染色体上的位置，并通过蒙特卡罗随机模拟的方法来验证参数估计和QTL的定位精确度以及模型的效力，最后将林木QTL功能作图模型应用于林木试验数据，来定位影响林木动态性状发育轨迹的QTL。

上述成果发表在《Trends in Genetics》和《Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology》上。其中发表在《Trends in Genetics》的关于“Mapping genes for plant structure, development and evolution: functional mapping meets ontology”的论文，被SCI引频18次，其中他人引用8次。很多引文被发表在植物研究领域影响力高的期刊如《Plant Physiology》、《New Phytologist》、《Evolution》、《Brefings in Bioinformatics》等上，这些研究为植物进化及动态性状的遗传学研究提供了一条有效的途径。

（二）研究石蒜花色遗传多样性模式，阐明了长筒石蒜花色的调控机理

以我国特有的石蒜属(Lycoris)植物为材料，利用其花色与花型丰富的遗传变异，构建cDNA文库及EST分析，以30000余条石蒜属植物ESTs序列为基础，采用RACE、高压液相色谱和质谱等分析技术，开展长筒石蒜花色测定、识别分离和克隆花色相关基因等研究，进而研究与花色素苷生物合成相关的结构基因和调节基因，并对其表达特性和功能进行研究，初步阐明了长筒石蒜花色的调控机理。本研究首次使用目视测色、RHSCC 比色和色差仪测色等方法对 43 个长筒石蒜变异类型和长筒石蒜模式种的花色进行评价，综合分析将长筒石蒜花色分成红色系、紫色系、橙色系黄色系和白色系；利用HPLC-DAD/ESI-MS技术确定长筒石蒜花瓣中含有5种花色苷，包括矢车菊-3-槐糖苷 (Cy3So)，矢车菊素-3-木糖基葡萄糖苷 (Cy3XyGlc)，矢车菊素-3-接骨木二糖苷(Cy3Sa)，天竺葵素-3-木糖基葡萄糖苷 (Pg3XyGlc)和未知的花青素，其中Cy3So 和 Cy3Sa是在石蒜属植物中首次被发现并鉴定；并且研究发现Cy3XyGlc 和 Cy3So 共同影响长筒石蒜的红色的呈现，而 Cy3So 和 Pg3XyGlc 则影响蓝色的呈现；分析了长筒石蒜花色素代谢相关的六个基因在不同花色长筒石蒜中的时空表达情况以及转基因功能验证，暗示了不同色系中花色苷合成相关基因的表达差异，导致最终合成的花色苷的差异。同时，首次使用微卫星标记从花色变异等性状角度，运用统计学原理从群体遗传学角度解析分子标记数据，研究石蒜花色遗传多样性模式，研究发现而长筒石蒜 EST-SSR 以二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复为主，作为单子叶植物的长筒石蒜发现了双子叶植物中AAG/TTC重复丰度很高的类似现象，推测这些占优势的重复基元可能与其编码相应蛋白质的使用频率较高有关，在植物从单子叶到双子叶进化过程中起着重要的作用。

上述结果发表在《PloS one》、《Genomics》和《Molecular ecology resources》等期刊上。其中于2011年发表在《PloS One》上关于“Natural variation in petal color in Lycorislongituba revealed by anthocyanin components. ”一文SCI引用频率15次，他引13次。石蒜属植物作为一种难得的切花材料用于商业性切花生产，前景相当广阔，该研究为通过分子育种等手段，研究长筒石蒜的起源和系统进化、品种分类、新花色育种以及新品种的鉴定和保护奠定理论基础，再辅之必要的保鲜和花期调控技术，可望使石蒜成为具有中国特色的切花种类，为综合利用长筒石蒜这一中国特有的花卉资源做出贡献。

（三）从转录后水平和翻译水平方面研究非生物胁迫对棉花生长发育的影响

通过对镉胁迫下棉花生理生化反应及蛋白质组变化的分析，研究重金属镉对棉花生长发育的影响。镉胁迫下种仁的超微结构表明，镉以环状的电子致密颗粒存在于蛋白质内部的空泡中，或以晶体状的电子致密颗粒形式附着在细胞壁上或在泡液中，并且在高浓度镉处理下，细胞核的性状变得不规则，核仁被分解成数个体积很小的部分分散在细胞核中，推测镉延迟的跨膜吸收是棉花抗镉毒害的一个重要机制，使其能获得充裕的时间来启动细胞内重金属的解毒机制。另外，采用蛋白质双向凝胶电泳（2-DE）技术，分离鉴定出34个蛋白点，主要参与了胁迫应答，抗氧化防御反应和能量代谢等生物学过程。

研究了铅胁迫下microRNA及其靶基因对棉花生长发育的影响，二倍体棉花发育过程中干旱和盐碱化对microRNA及其靶基因表达的的调控，从全基因组角度解析MYB转录因子在雷蒙德氏棉的特征，以及miRNA介导的MYB基因在棉花纤维发育过程中的调节和功能。

上述成果发表在《Functional& Integrative Genomics》和《Chemosphere》上,为明确陆地棉耐性遗传机制以及抗重金属胁迫棉花新种质筛选提供理论依据，也为土壤重金属污染治理提供实用的技术和方法。

（四）从全基因组水平比较分析R2R3-MYB基因家族在不同棉种中的作用

在二倍体棉种D基因组雷蒙德氏棉(Gossypiumraimondii)和A基因组亚洲棉(Gossypiumarboreum)全基因组测序完成的基础上，对棉花R2R3-MYB基因家族在全基因组水平上进行了鉴定和综合比较分析，并探索其受干旱及盐胁迫过程中的应答反应。雷蒙德氏棉基因组中有205个R2R3-MYB基因，分散分布在雷蒙德氏棉13条染色体上，分为13个不同的功能亚家族；片段复制导致了雷蒙德氏棉R2R3-MYB基因数目的扩增，而且雷蒙德氏棉R2R3-MYB复制基因在进化过程中经历了不太强烈的纯化选择作用，基因功能的分化严重；绝大多数雷蒙德氏棉R2R3-MYB基因在棉花干旱及盐胁迫响应反应中起着重要作用。利用雷蒙德氏棉和亚洲棉基因组数据，对两个棉种中R2R3-MYB基因家族在胁迫中的响应进行综合比较结果表明：大部分R2R3-MYB直系同源基因在不同组织以及干旱及盐诱导下的表达模式存在一定差异，说明R2R3-MYB直系同源基因在雷蒙德氏棉和亚洲棉中的表达已经开始分化，推测可能与雷蒙德氏棉和亚洲棉经过物种特异的进化后适应不同的生存环境有关。

上述成果发表在《Scientific Reports》上，为深入研究棉属植物在干旱及盐胁迫下的响应机制、两个基因家族在棉属中的系统发育关系以及棉花种子品质遗传改良奠定了基础。

研究论文

1. He Q, Jones DC, Li W, Xie F, Ma J, Sun R, et al. Genome-Wide Identification of R2R3-MYB Genes and Expression Analyses During Abiotic Stress in Gossypium raimondii. Scientific reports. 2016;6:22980.

2. Dong Y, Li C, Zhang Y, He Q, Daud MK, Chen J, et al. Glutathione S-Transferase Gene Family in Gossypium raimondii and G. arboreum: Comparative Genomic Study and their Expression under Salt Stress. Frontiers in plant science. 2016;7:139.

3. Sun R, He Q, Zhang B, Wang Q. Selection and validation of reliable reference genes in Gossypium raimondii. Biotechnology letters. 2015;37(7):1483-93.

4. Liu W, Li W, He Q, Daud MK, Chen J, Zhu S. Characterization of 19 Genes Encoding Membrane-Bound Fatty Acid Desaturases and their Expression Profiles in Gossypium raimondii Under Low Temperature. PloS one. 2015;10(4):e0123281.

5. Daud MK, He Q, Lei M, Ali B, Zhu SJ. Ultrastructural, metabolic and proteomic changes in leaves of upland cotton in response to cadmium stress. Chemosphere. 2015;120:309-20.

6. Xie F, Stewart CN, Jr., Taki FA, He Q, Liu H, Zhang B. High-throughput deep sequencing shows that microRNAs play important roles in switchgrass responses to drought and salinity stress. Plant biotechnology journal. 2014;12(3):354-66.

7. Sun R, Wang Q, Ma J, He Q, Zhang B. Differentiated expression of microRNAs may regulate genotype-dependent traits in cotton. Gene. 2014;547(2):233-8.

8. Liu W, Li W, He Q, Daud MK, Chen J, Zhu S. Genome-wide survey and expression analysis of calcium-dependent protein kinase in Gossypium raimondii. PloS one. 2014;9(6):e98189.

9. Li W, Liu W, Wei H, He Q, Chen J, Zhang B, et al. Species-specific expansion and molecular evolution of the 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGR) gene family in plants. PloS one. 2014;9(4):e94172.

10. He Q, Zhu S, Zhang B. MicroRNA-target gene responses to lead-induced stress in cotton (Gossypium hirsutum L.). Functional & integrative genomics. 2014;14(3):507-15.

11. Liu H, Quampah A, Chen J, Li J, Huang Z, He Q, et al. QTL mapping based on different genetic systems for essential amino acid contents in cottonseeds in different environments. PloS one. 2013;8(3):e57531.

12. He Q, Shen Y, Wang M, Huang M, Yang R, Zhu S, et al. Natural variation in petal color in Lycoris longituba revealed by anthocyanin components. PloS one. 2011;6(8):e22098.

13. Cui SJ, He Q, Chen Y, Huang MR. Evaluation of suitable reference genes for gene expression studies in Lycoris longituba. Journal of genetics. 2011;90(3):503-6.

14. He Q, Cui SJ, Gu JL, Zhang H, Wang MX, Zhou Y, et al. Analysis of floral transcription factors from Lycoris longituba. Genomics. 2010;96(2):119-27.

15. He Q, Berg A, Li Y, Vallejos CE, Wu R. Mapping genes for plant structure, development and evolution: functional mapping meets ontology. Trends in genetics : TIG. 2010;26(1):39-46.

16. Berg A, He Q, Shen Y, Chen Y, Huang M, Wu R. Trilocus disequilibrium analysis of multiallelic markers in outcrossing populations. Statistical applications in genetics and molecular biology. 2010;9:Article 16.

17. He Q, Shen Y, Chen Y, Zhou Y, Berg A, Wu R, et al. Development of 16 polymorphic simple sequence repeat markers for Lycoris longituba from expressed sequence tags. Molecular ecology resources. 2009;9(1):278-80.

18. 欧婷; 何秋伶; 陈进红; 祝水金. 基于抗草甘膦基因的棉花茎尖农杆菌介导转化方法的研究.棉花学报, 2013(5)

19. 王安可; 何秋伶; 潘晶晶; 孙英超; 祝水金; 陈进红. 农杆菌介导的VgDGAT1a基因棉花茎尖转化体系优化研究. 浙江大学学报，2013(3)

20. 何秋伶. 长筒石蒜花色变异的分子基础. 江苏省优秀博士论文（2010）

21. 何秋伶; 陈英; 戴咏梅; 杨春霞; 黄敏仁. 转GAFP-NPI基因香石竹.分子植物育种, 2007(3)

22. 陈英; 何秋伶; 诸葛强; 黄敏仁; 王明庥. 林木基因工程研究进展. 分子植物育种, 2006(1)